L'administration de l'assemblée s'organise sous la direction générale du président en onze services dépendant du secrétariat général et un service dépendant du président, le contrôle des dépenses engagées.

Tous les services à la tête desquels sont nommés des chefs de service sont placés sous l'autorité du secrétaire général de l'assemblée de la Polynésie française. Sous l'autorité directe du président de l'assemblée de la Polynésie française, le secrétaire général est responsable du fonctionnement de l'ensemble des services de l'assemblée. Il peut recevoir du président délégation pour signer tous actes de gestion et décisions d'ordre administratif.